Анализ полиморфизма микросателлитных локусов в популяциях Picea abies (L.) H. Karst. и Picea obovatа Ledeb.
https://doi.org/10.21266/2079-4304.2021.237.97-108
Аннотация
Процессы генезиса хвойных лесов интенсивно изучаются с использованием методов молекулярного маркирования. Микросателлитные локусы рассматриваются в качестве наиболее полиморфной и воспроизводимой системы кодоминантных молекулярных маркеров. В цели исследования входило установить возможность использования микросателлитных маркеров для определения видовых различий между елью европейской и сибирской (Picea abies и Picea obovatа), а также оценить степень генетической обособленности региональных популяций ели на территории Европейской части РФ. Исследование показало, что использование набора из двенадцати микросателлитных маркеров позволяет разделить выборку елей, собранных с европейской и азиатской частей страны, на два генетических кластера, соответствующих видам Picea abies и Picea obovatа. Проанализированные в исследовании микросателлитные локусы могут быть использованы для оценки генетического разнообразия и географического происхождения ели европейской и сибирской.
При поддержке: Исследование выполнено за счет средств федерального бюджета в рамках государственного задания ФБУ «СПбНИИЛХ» (№ 053-00012-21-00).
Об авторах
В. А. Волков
Санкт-Петербургский государственный лесотехнический университет имени С.М. Кирова
Россия
Россия
ВОЛКОВ Владимир Александрович – аспирант
194021, Институтский пер., д. 5, Санкт-Петербург
Г. В. Калько
Санкт-Петербургский научно исследовательский институт лесного хозяйства
Россия
Россия
КАЛЬКО Галина Валентиновна – заведующий исследовательской лаборатории
194021, Институтский пр., 21, Санкт-Петербург
Список литературы
1. Калько Г.В., Кузьмина М.В. Применение микросателлитных маркеров для оценки генетического разнообразия ели европейской // Труды Санкт-Петербургского научно-исследовательского института лесного хозяйства. 2018. № 1. С. 32–47.
2. Мельникова М.Н. и др. Тестирование микросателлитных праймеров на разных популяциях евразийских елей Picea abies (L.) Karst. и Picea obovata Ledeb // Генетика. 2012. Т. 48. № 5. С. 660–660.
3. Потокина Е.К. и др. Использование маркеров органельной днк для анализа филогеографии Восточноевропейской популяции ели европейской Picea abies (L.) H. Karst // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2015. Т. 18. № 4/1. С. 818–830.
4. Потокина Е.К., Орлова Л.В., Вишневская М.С., Алексеева Е.А., Потокин А.Ф., Егоров А.А. Генетическая дифференциация популяций ели на северо-западе России по результатам маркирования микросателлитных локусов // Генетика популяций и эволюция. 2012. Т. X, № 2. С. 40–49. ISSN 1811–0932.
5. Экарт А.К., Семерикова С.А., Семериков В.Л., Кравченко А.Н., Дымшакова О.С., Ларионова А.Я. Применение различных типов генетических маркеров для оценки уровня внутривидовой дифференциации ели сибирской // Сибирский лесной журнал. 2014. № 4. С. 84–91. ISSN 2311-1410.
6. Acheré V. et al. A full saturated linkage map of Picea abies including AFLP, SSR, ESTP, 5S rDNA and morphological markers // Theoretical and Applied Genetics. 2004. Vol. 108, no. 8. P. 1602–1613.
7. Bousquet J., Simon L., Lalonde M. DNA amplification from vegetative and sexual tissues of trees using polymerase chain reaction // Canadian journal of forest research. 1990. Vol. 20, no. 2. P. 254–257.
8. Eusemann P. et al. Three microsatellite multiplex PCR assays allowing high resolution genotyping of white spruce, Picea glauca // Silvae Genetica. 2014. December. Vol. 53(5). P. 230–234. DOI 10.1515/sg–2014-0029
9. Evanno G., Regnaut S., Goudet J. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study // Molecular ecology. 2005. Vol. 14, no. 8. P. 2611–2620.
10. Fluch S. et al. Characterization of variable EST SSR markers for Norway spruce (Picea abies L.) // BMC Research notes. 2011. Vol. 4, no. 1. P. 1–6.
11. Hart D.L., Clark A.G. Principles of population genetics Sinauer associates Sunderland // Massachusetts. 1997. 116 р.
12. Peakall R.O.D., Smouse P.E. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // Molecular ecology notes. 2006. Т. 6, no. 1. P. 288-295.
13. Pfeiffer А., Olivieri A.M., Morgante M. Identification and characterization of microsatellites in Norway spruce (Picea abies) // Genome. 1997. Vol. 40. P. 411–419.
14. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. 2000. Vol. 155, no.. 2. P. 945–959.
15. Rungis D. et al. Robust simple sequence repeat markers for spruce (Picea spp.) from expressed sequence tags // Theor. Appl. Genet. 2004. Vol. 109 (6). P. 1283–1294. ISSN 0040-5752.
16. Scotti I. et al. Microsatellite repeats are not randomly distributed within Norway spruce (Picea abies K.) expressed sequences // Genome. 2000. Vol. 43(1). P. 41–46. ISSN 0831-2796.
17. Scotti I. et al. Trinucleotide microsatellites in Norway spruce (Picea abies): their features and the development of molecular markers // Theoretical and Applied Genetics. 2002. Vol. 106, no. 1. P. 40–50.
18. Tsuda Y. et al. The extent and meaning of hybridization and introgression between Siberian spruce (Picea obovata) and Norway spruce (Picea abies): cryptic refugia as stepping stones to the west? // Molecular Ecology. 2016. Vol. 25, no.. 12. P. 2773–2789.
19. Wright S. The genetical structure of populations // Annals of Eugenics. 1951. Vol. 15(4). P. 323–354. ISSN 0003-4800.168.
20. Wright S. The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of mating // Evolution. 1965. Vol. 19. P. 395–420. Online ISSN 1558-5646
Рецензия
Для цитирования:
Волков В.А., Калько Г.В. Анализ полиморфизма микросателлитных локусов в популяциях Picea abies (L.) H. Karst. и Picea obovatа Ledeb. Известия Санкт-Петербургской лесотехнической академии. 2021;(237):97-108. https://doi.org/10.21266/2079-4304.2021.237.97-108
For citation:
Volkov V.A., Kalko G.V. Analysis of the polymorphism of microsatellite loci in Picea abies (L.) H. Karst. and Picea obovatа Ledeb populations. Izvestia Sankt-Peterburgskoj lesotehniceskoj akademii. 2021;(237):97-108. (In Russ.) https://doi.org/10.21266/2079-4304.2021.237.97-108
Просмотров:
83
Послать статью по эл. почте 